г. Новосибирск, 15-17 октября 2012 г.

Соколов В.С.   Лихошвай В.А.   Матушкин Ю.Г.  

Программное обеспечение для компьютерного исследования особенностей элонгации трансляции (на примере одноклеточных организмов рода Mycoplasma)

Докладчик: Соколов В.С.

В современной биологии изучение эффективности и способов оптимизации экспрессии генов представляет собой актуальную и существенную для теории и практики задачу. Ее исследование важно как с точки зрения фундаментальной науки – получение теоретических оценок экспрессии генов в тех организмах, экспериментальные данные по которым пока еще недоступны, так и в практическом приложении, например, для планирования генно-инженерных экспериментов.

Результаты исследований в данной области показывают, что для одноклеточных организмов и многих многоклеточных существует зависимость уровня экспрессии генов от таких факторов как кодонный состав гена, наличие и распределение вторичных структур в мРНК и «прочность» этих структур [1]. В зависимости от сочетания этих факторов выделяется 5 групп организмов, по-разному оптимизировавших первичную структуру своих генов в процессе эволюции [2].

В работе описывается программное обеспечение (интернет доступное и консольное), реализующее алгоритм исследования секвенированного генома. Алгоритм вычисляет для каждого гена параметры, связанные с его кодонным составом и «прочностью» вторичных структур мРНК. Также представлены результаты работы программы в применении к геномам одноклеточных организмов, принадлежащих к роду Mycoplasma. В результате анализа 42 геномов различных видов Mycoplasma выделены три, значительно отличающиеся от остальных. В геномах данных организмов снижено среднее количество вторичных структур. Предполагается, что это может быть связано с особенностями их паразитического образа жизни.

 

Литература

1. Н.В. Владимиров, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин, Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах, Мол. Биол. 2007.

2. Vitali A. Likhoshvai, Yuri G. Matushkin, Differentiation of single-cell organisms according to elongation stages crucial for gene expression efficacy, FEBS, 2002.

Тезисы доклада:abstracts_138699_ru.pdf
Файл с полным текстом: SokolovV_proc.pdf


К списку докладов

Комментарии

Имя:
Код подтверждения:

3.
TpABrgFSaG10.11.2012 21:40
i16YyI , [url=http://bhzsjqdofnou.com/]bhzsjqdofnou[/url], [link=http://cxewpcmtfvgb.com/]cxewpcmtfvgb[/link], http://yjcnyjyjfsij.com/
2.
ilajFSaOkvKrCOE10.11.2012 10:34
eWN2bU <a href="http://jrqpdvedgepi.com/">jrqpdvedgepi</a>
1.
GZdAtTHVZaE07.11.2012 13:50
I'm quite pleased with the inoframtoin in this one. TY!